Granty
- BA - British Academy – Ancient Landscape Reconstruction in Northern Bohemia (1990- 1993, spoluřešitel)
- FRVŠ 1271/2002 – Analýza fytolitů na vybraných nalezištích jižních Čech (2002, školitel)
- VZ MŠMT 600765801 – Vznik a vývoj biodiverzity (2005- 2011, člen výzkumného týmu
- FRVŠ 40/2006 – Dendrochronologická analýza materiálu ze Šumavy a šumavského podhůří (2006, školitel)
- FRVŠ 2230/2009 – Integrované výukové pracoviště vyspělé optické mikroskopie pro zobrazování botanických objektů (2009, řešitel)
- GAAV Environmental history of the Western Desert, Egypt: Case study of the civilisation development and failure affected by climate changes
- GAČR – P405/12/2173 – Neolitické domy z Hrdlovky, SZ Čechy: změna tvaru a významu (2012-2014, řešitel),
- MŠMT – OPVK CZ.1.07/2.3.00/20.028, PAPAVER - Centrum studia člověka a rostlin Evropy a severní Afriky doby poledové (2013-2015, řešitel, vedoucí centra)
- GAČR – 13-08169S-1699 – Prior to the Neolithic: Contextual Analysis of Environmental Dynamics during Early Postglacial Transformation of Central Europe (2013-2017, spoluřešitel)
